Theo báo cáo của Bộ Kế hoạch và Đầu tư cũng như phản ánh của các doanh nghiệp, chi phí vận tải, trong đó có phí đường bộ đã tác động lớn đến chi phí kinh doanh của doanh nghiệp. Các trạm thu phí còn dày và mức phí cao. Nhiều dự án BOT, điển hình như cao tốc Hà Nội – Hải Phòng hay Long Thành – Dầu Giây có mục tiêu xây dựng để phục vụ vận tải hành khách công cộng và hàng hóa, nhưng do phí cầu đường quá cao nên phương tiện vận tải hành khách, hàng hóa không sử dụng. Phần lớn phương tiện đi qua các tuyến đường có mức phí “khủng” là xe con, xe cá nhân nên chính nhà đầu tư cũng bị ảnh hưởng.
Trước thực trạng trên, các cơ quan chức năng đã ban hành 15 thông tư để giảm mức thu phí của 29 trạm. Tuy nhiên, thực tế một số trạm chưa giảm do nhà đầu tư không đồng ý với phương án vì ảnh hưởng đến việc trả nợ gốc, lãi vay như đã tính toán trong hợp đồng.

Theo tinh thần Nghị quyết 35/NQ-CP của Chính phủ về hỗ trợ và phát triển doanh nghiệp đến năm 2020, Chính phủ đã yêu cầu các bộ, ngành tiếp tục rà soát cắt giảm cho doanh nghiệp chi phí vay vốn, chi phí logistics, chi phí vận tải…; loại bỏ các kẽ hở trong quản lý tạo ra chi phí không chính thức cho doanh nghiệp. Riêng với phí sử dụng đường bộ, phí BOT, mới đây, Phó Thủ tướng Thường trực Chính phủ Trương Hòa Bình đã giao Bộ Giao thông – Vận tải tiếp tục rà soát việc bố trí các trạm thu phí dịch vụ sử dụng đường bộ trên toàn quốc, có phương án giải quyết thỏa đáng quyền, lợi ích của người dân khu vực lân cận trạm thu phí… Đồng thời, Bộ Giao thông – Vận tải đã điều chỉnh tiếp hợp đồng 13 dự án BOT đường bộ, giảm thời gian thu phí tổng cộng 92 năm, 3 tháng; trong đó dự án giảm nhiều nhất là 20 năm, 1 tháng.

Tuy nhiên, trước kiến nghị của doanh nghiệp, Bộ Giao thông – Vận tải sẽ tiếp tục tập trung quyết toán chi phí đầu tư dự án BOT, cập nhật yếu tố đầu vào, như cơ chế kiểm soát lưu lượng phương tiện, doanh thu thực tế để có cơ sở tính thời gian hoàn vốn và mức phí phù hợp; đồng thời khắc phục ngay việc quản lý dự án, vị trí lắp đặt trạm thu phí; đẩy nhanh thu phí điện tử không dừng, công khai các yếu tố đầu vào để bảo đảm minh bạch, tiết giảm chi phí quản lý vận hành dự án BOT, hướng tới giảm phí cho doanh nghiệp.
Theo báo Hà Nội mới